国立台南大学（National University of Tainan）包括府城校区位于台南市中西区树林街二段33号，紧邻附属实验小学与庆中街艺术特区，为目前学校运作之主要核心。
本校区面积约9.8公顷，是教育学院、人文社会学院、理工学院与艺术学院之部分科系、以及推广教育中心所在。本校区尚包括各校级行政单位、图书馆、体育馆、运动场、学生餐厅与活动中心、与各学生宿舍。
荣誉教学中心位于台南市东区荣誉街67号。为环境生态学院、部分理工学院系所、以及艺术学院之戏剧学系所在。本校区亦设有图书分馆与体育馆。
大同研发中心设置于台南市东区荣誉街大同国小内。包含环境生态学院与理工学院部分系所之研究室与研究中心。
七股校区位于台南市七股区与安南区交界处，北临173县道，南临曾文溪堤防，校区广达120公顷。本校区以“生态校园”为目标，结合教学研究、生态、生活休闲等多元功能，将划设景观生态湖及保留大面积绿地。目前正在进行整地工程与新建校舍的规划，将兴建理工学院大楼、环境生态学院大楼、综合教学大楼，以及学生宿舍。
文化校区（规划中）基地位于台南市东区生产路以北，为台南市政府“变更台南市东区主要计划（南台南站副都心地区）案”所增设之文教用地14.9公顷，规划中将兴建“小巨蛋”多功能展演厅，以配合未来人文社会学院与艺术学院的迁建至此校区。
