巴斯克大学由三个校区组建而成，分布在巴斯克地区各个历史名城，涵盖了32个院系，前身是毕尔巴鄂大学。

大学下设有科学与技术系,医学与牙科学巴斯克大学系，社会与传媒科学系，美术系，法律系(Bizkaia校区)，巴斯克大学Sarriko企业与经济科学系(Ibarrekolanda, Sarriko校区)，化学科学系，法律系，心理学系，哲学与教育科学系，信息学系，药学系，文学系以及体育活动与运动科学系等13个系。

另外还设有劳动关系学院，护理学院，教师学院(Arangoiti校区)，毕尔巴鄂高级工程技术学院(San Mamés校区)，工业技术工程学院(La Casilla校区)，企业研究学院(主校区)，高等航海、机器与海事技术学院，公共工程与矿物技术工程学院，高等建筑技术学院，San Sebastián理工学院，企业研究学院，San Sebastián教师学院，护理学院(Sanitaria市校区)，工程学院，教师学院，社会工作学院和企业学院等17个学院。