人文艺术和社会科学院（College of Arts and Social Sciences）分为社会科学研究院（Research School ofSocial Sciences、RSSS）和人文艺术研究院（Research School of Humanities and the Arts、RSHA）。其中，社会科学研究院致力于历史、哲学、社会学、政治学和国际关系、中东研究、拉美研究等领域。人文艺术研究院则涵盖艺术、音乐、人类学、考古学、古典文学、艺术史、英语文学、戏剧、电影研究、性别研究、语言学、欧洲语言等领域。

物理和数学科学院（College of Physical & Mathematical Sciences）包括天文和天体物理学研究院（Research School of Astronomy and Astrophysics）、物理工程研究院（Research School of Physical Sciences and Engineering；RSPE）、化学研究院（Research School of Chemistry）、数学研究院（Mathematical Sciences Institute）、地球科学研究院（Research School of Earth Sciences）和澳大利亚国家公众意识科学中心（Australian National Centre for the Public Awareness of Science；CPAS）。

医学生物和环境学院（College of Medicine, Biology and Environment）包括约翰科廷医学院（John Curtin School of Medical Research；JCSMR）、澳大利亚国立大学医学院、环境社会研究院和生物心理和人口健康研究院。

国立管理学研究生院（National Graduate School of Management；NGSM），曾经是ANU最主要的商学院（Business School），1994年创立后一直以企管硕士（MBA）闻名于海内外。2006年ANU进行全校学院架构改组，NGSM与原本的经济学与商务学院（Faculty of Economics and Commerce）一起并入新成立的ANU商学与经济学院（ANU College of Business and Economics；CBE）。2011年底，CBE提案经校务委员会审核同意，进行组织再造，将其下辖的四个学群（Schools），全部升格并改名为研究院（Research Schools）。